Už sme vyššie podotkli, že prevažná časť Rišňovských, či z alekšinskej, či z rišňoveckej vetvy buď zomrela začiatkom 16. storočia, alebo hrdinsky padla pri obrane vlasti v roku 1526. Tým sa určite narušil aj vývoj pomerne jednoliateho panstva, skladajúceho sa z viacerých blízkych dedín. Po roku 1526 prišli do oblasti noví zemepáni. Vieme, že okolo roku 1533 Dolné Rišňovce vlastnili Országhovci a Losonczyovci, od roku 1563 sú tu aj Thordayovci. V Horných Rišňovciach mali majetky Motešickí, Šándorovci aj Thordayovci, v Komoči spomínanej od roku 1565 sa usadila rodina Hagan.
     Podľa portálneho súpisu z roku 1532 sa uvádza, že aj Dolné aj Horné Rišňovce sú šľachtické, že z prvých sa platila daň z 8 port, z druhých daň z 11 port. Vieme o tom, že až do polovice 16. storočia oboje Rišňovce našťastie neveľmi okúsili strasti vojny, aj keď turecké nájazdy do tejto oblasti boli už od 30. rokov 16. storočia časté. Až v roku 1576 boli Turkami vypálené Horné Rišňovce a asi silnejšie ochránené Dolné Rišňovce podľahli Turkom až v roku 1599. Vieme o tom, že v tejto dobe v Dolných Rišňovciach už určite existoval podnes zachovaný renesančný kaštieľ, ktorý chránilo predsunuté opevnenie zbúrané až počas 20. storočia. Je možné, že už toto

Zobrazenie osady "Retzn" na Lazarovej mape Uhorska z roku 1528

opevnenie bránilo Dolnorišňovčanov pred útočníkmi. V období tureckých vojen utrpela najmä Komoča, lebo výrazne spustla a hoci sa spomína aj v prameňoch z 18. storočia, už nedosiahla svoj bývalý význam. Ďalšie súpisy zdanených usadlostí ukazujú tento sídlištný vývoj. V roku 1576 sa v Dolných Rišňovciach evidovalo 2,5 porty a 7 rodín zdanených želiarov, 2 zničené domy; v roku 1598 stálo 19 domov. V rokoch 1600 - 1601 bola obec vypálená. V Horných Rišňovciach v roku 1576 zaznačili úradníci 2,5 porty, 3 želiarov, 2 zničené domy. V roku 1598 26 domov, aj táto obec bola v rokoch 1600 - 1601 vypálená. Vypálenie oboch obcí v rokoch 1600 - 1601 treba pripočítať na vrub protihabsburského povstania Štefana Bočkaja, ktoré len v rámci západného Slovenska sa odrazilo v osude niekoľkých stoviek dedín a obcí. Našťastie ani obe pohromy nepostihli obyvateľov Rišňoviec až natoľko, že by ich museli opustiť. Máme správy o pretrvávajúcom osídlení, obrábaní pôdy a vinohradov. Turecké nebezpečenstvo bolo v tejto oblasti iba občasné a ani ostatné vojenské výpravy netiahli stále len k Hlohovcu či Nitre, takže sa oplatilo zničené domy znova obnoviť a naďalej obhospodarovať miestne pozemky. Ale tlak Turkov na územie Nitrianskej stolice neprestával. Vieme, že do rokov 1663 - 1664 Turci obsadili podstatnú časť západného Slovenska. Územie medzi Dunajom, Váhom, Trenčínom, Žabokrekmi, Hronom až po Ipeľ nazvali novozámockým ejáletom. Každý ejálet mal niekoľko menších častí, máme záznamy o tom, že Rišňovce minimálne  v 60. - 80. rokoch 17. storočia patrili do nitrianskej náhije. Z rokov 1663 - 1664 sa zachoval turecký súpis zdanených obcí, žiaľ o Rišňovciach tu nie sú podstatnejšie informácie. Uvádza sa, že obec "Rícsan" sa nachádza medzi Hlohovcom a Nitrou a že musí poskytovať poplatok 750 malých strieborných tureckých  mincí zvaných akče. Nespomínajú sa žiadne mená vtedajších obyvateľov. Záznam dosvedčuje, že obec bola asi v 1 polovici 17. storočia pri prechodoch cisárskych, povstaleckých či tureckých armád ťažko postihnutá, lebo Turci ju síce formálne vzali do svojho panstva, ale už dopredu vedeli, že z nej budú mať iba minimálny úžitok. Keďže Turci neurčili poplatky za všetky poľnohospodárske či remeselnícke aktivity v obci a neurobili si súpis jednotlivých spoplatnených rodín, je viac než isté, že obec bola vtedy ľudoprázdna, zničená. Určite tu žilo niekoľko rodín, ale tie nevykonávali nijaké rozsiahlejšie aktivity, napr. obrábanie polí, pestovanie dobytka, výrub dreva, kosbu lúk, chov včiel, za čo všetko Turci pýtali daň, ale prežívali ako sa dalo. Zdá sa, že miestni občania boli v týchto rokoch veľmi chudobní. Aspoň zatiaľ sme nenašli žiadne doklady o tom, že by vo väčšej miere používali vtedajšie peniaze.
     Je isté, že určité zlepšenie politickej situácie v Nitrianskom regióne priniesla až veľká porážka Turkov v roku 1683 pri Viedni, ktorá znamenala aj konec ich panstva v prevažnej časti strednej Európy. Do konca 80. rokov 17. storočia bolo Slovensko úplne vyčistené od tureckých nepriateľov a začala obnova zničenej zeme. Ľudia sa mohli vrátiť na svoje majetky postupne začať obrábať opustené polia, lúky a pasienky.